La demande initiale de la ville de Bastia consistait en la refonte complète d’un musée du type "musée de ville" essentiellement archéologique et ethnographique avec un point fort en art sacré. L'état du bâtiment et de sa muséographie étaient extrêmement préoccupants et demandaient une refondation complète ainsi qu'une greffe architecturale du fait de la destruction partielle d'une aile de la citadelle après l'explosion volontaire du fait de l'occupant nazi à la fin de la 2nde Gurerre mondiale. Le programme muséographique initial était chronothématique avec des points forts en art sacré, archéologie et peinture baroque. Après concours, l'architecte Andréa Bruno a été désigné lauréat. Son parti consistait notamment en une reconstruction très technologique de l'aile détruite en verre sérigraphié pour assumer pleinement l'intervention contemporaine. L'entreprise désignée, considérant les travaux trop complexes, a interrompu le chantier pendant une très longue période. Il a donc dû être procédé à la reprise du projet et à la désignation d'une nouvelle équipe de maîtrise d'œuvre (CplusD architecture et muséographie) pour la finalisation. Une simplification du parcours comme du projet architectural a été adoptée sous la proposition de Catherine Seurat. Le musée est désormais centré uniquement sur l’histoire de Bastia et la greffe architecturale est en continuité avec l'architecture initiale du monument. La qualité patrimoniale du site du Palais des Gouverneurs (monument classé) a poussé également à la création d’un lieu de promenade et de plaisance pour les habitants, avec un panorama exceptionnel en ville haute.
Les interventions des maîtres d'œuvre dans le monument sont particulièrement subtiles et retenues, laissant le monument développer pleinement ses atouts.